Análisis metagenómico de microorganismos de relevancia en medicina veterinaria identificados en humedales urbanos de la región de Los Lagos

Abstract

Los humedales, ecosistemas de vital importancia para la biodiversidad y el equilibrio ecológico, enfrentan una constante amenaza por las actividades humanas. La contaminación y la sobrepoblación, junto con prácticas agrícolas y ganaderas intensivas, provocan un exceso de nutrientes que desencadena un crecimiento descontrolado de microorganismos. Esta alteración de la calidad del agua genera riesgos para la salud animal, humana y ambiental. En respuesta a este desafío, el Servicio Agrícola y Ganadero (SAG) de Chile ha implementado un sistema de vigilancia epidemiológica mediante la lista de Enfermedades de Declaración Obligatoria (EDO). Esta iniciativa permite la detección y notificación oportuna de enfermedades contagiosas de relevancia veterinaria, contribuyendo a la protección de la salud pública y el cuidado del medio ambiente. En este trabajo se empleó la metagenómica de escopeta para caracterizar de manera integral las comunidades microbianas presentes en 13 humedales urbanos de la Región de Los Lagos, Chile. El objetivo principal fue identificar microorganismos de relevancia veterinaria, evaluar su potencial de resistencia a los antibióticos y caracterizar elementos genéticos móviles como plásmidos. Además, se proporcionó una descripción detallada de cada microorganismo que contiene genes de virulencia. El estudio logró identificar una variedad de microorganismos de importancia veterinaria, incluyendo aquellos sujetos a declaración obligatoria ante el Servicio Agrícola y Ganadero (SAG). Además, se encontraron especies de alta relevancia debido a su prevalencia en enfermedades animales en los distintos humedales estudiados. Cabe destacar que el análisis detectó genes de resistencia a antibióticos, genes de virulencia y elementos genéticos móviles, reflejando así la calidad sanitaria de cada humedal urbano estudiado.

Wetlands, ecosystems of vital importance for biodiversity and ecological balance, face constant threats from human activities. Pollution and overpopulation, along with intensive agricultural and livestock practices, lead to an excess of nutrients that trigger uncontrolled microbial growth. This deterioration in water quality poses risks to animal, human, and environmental health. In response to this challenge, the Agricultural and Livestock Service (SAG) of Chile has implemented an epidemiological surveillance system through the List of Notifiable Diseases (EDO). This initiative allows for the timely detection and reporting of contagious diseases of veterinary relevance, contributing to the protection of public health and environmental care. In this study, shotgun metagenomics was employed to comprehensively characterize the microbial communities present in 13 urban wetlands in the Los Lagos Region of Chile. The main objective was to identify microorganisms of veterinary relevance, assess their potential antibiotic resistance, and characterize mobile genetic elements such as plasmids. Additionally, a detailed description of each microorganism containing virulence genes was provided. The study managed to identify a variety of microorganisms of veterinary importance, including those subjects to mandatory declaration before the Agricultural and Livestock Service (SAG). In addition, species of high relevance were found due to their prevalence in animal diseases in the different wetlands studied. It should be noted that the analysis detected antibiotic resistance genes, virulence genes and mobile genetic elements, thus reflecting the health quality of each urban wetland studied.